文禄3年（1594年）、加藤貞泰が美濃国4万国に封じられた際に築城後、慶長５年（1600年）関ケ原の戦いで加藤貞泰は、東軍（徳川方）に属し、慶長15年（1610年）には2万石加増され伯耆国（ほうきのくに）米子6万石の城主になりました。
加藤貞泰の転封後は、黒野は加納藩領となり、黒野城は廃城となりました。城下町が存続したのはわずか16年間でした。

岐阜市史跡に指定されており、近年の発掘調査の結果、石垣と門に使用したと考えられる瓦が発見されています。