もとは720年に創建された妙観寺（みょうかんじ）という寺院でしたが衰退し、1395年頃、曹洞宗雲龍寺として再建されました。本能寺の変で戦死した飛騨国主 金森長近（かなもりながちか）の長男 長則（ながのり）の菩提寺であり、1590年頃に長近が建物を修営したと伝わっています。