1609年、初代高山城主であった金森長近（かなもりながちか）の菩提寺として、二代目金森可重（かなもりありしげ）が建立したもの。長近の法号にちなんで素玄寺となりました。金森家ゆかりの寺として知られ、長近が用いていた軍扇や采配等のほか、肖像画を所蔵しています。敷地内に飛騨郡代の大原彦四郎*の墓や、金森家供養塔*があります。

*大原彦四郎：第12代代官、後に郡代。厳しい政策により領民の反発を招き、明和・安永の大原騒動が起こった。墓は建立当初から幾度か倒され破損している。向かって右は長男の墓で、こちらも痛みが激しい。

*金森家累代供養塔：京都へ改葬された金森家の墓地後に立つ供養塔。左右には主君に殉死した家臣の墓石が集められている。殉死は家臣が死後も主君に奉公する意味があり、寛文3年に幕府によって禁止されている。